Для анализа причин нарушения равновесия в природных комплексах лиманов и плавней Приазовья особенно актуальны следующие две причины:
1) Вырубка древесной растительности. Лиманы и плавни Приазовья характеризуются богатым растительным покровом, который играет важную роль в поддержании экологического баланса. Деревья и кустарники не только способствуют удержанию почвы и предотвращению её эрозии, но также участвуют в очистке воды, обеспечивают пищу и убежище для многих видов животных и птиц. В результате их вырубки нарушается водный режим, уменьшается биоразнообразие, изменяется микроклимат, что может привести к деградации всей экосистемы лиманов и плавней.
2) Осушение заболоченной территории. Заболоченные территории выполняют множество важных функций, включая регуляцию водного режима, фильтрацию загрязнений и предоставление мест обитания для множества водных и наземных организмов. Осушение этих территорий ведет к снижению уровня грунтовых вод, потере биотопов для многих видов, увеличению эрозии и изменению локального климата. Это также приводит к уменьшению площадей, пригодных для размножения и поддержания популяций диких животных, что в свою очередь нарушает природные пищевые цепи и баланс в экосистемах.
Обе упомянутые причины тесно связаны с антропогенным воздействием и требуют внимания и согласованных действий для восстановления и сохранения уникальных природных комплексов Приазовья.